教育部5月27日公布“关于同意清华大学等85所高校2019年保送录取运动员的通知”中，柯洁与其他900多名运动员一同通过审核，21岁的他将成为清华大学2019级大一新生。
3月初，《2019年优秀运动员免试入学推荐名单》公示，柯洁出现在清华大学的特招名单中。3月22日，柯洁回应了这件事，表示自己只是获得了“推荐资格”，还要参加单招考试才能获得入学资格。柯洁表示自己正在努力学习，还表达了担忧之情。不过在5月13日的2019国际智力运动联盟世界大师锦标赛（衡水）中，柯洁在接受采访时表示已经通过了考试。
据柯洁父亲透露，柯洁选择的是工商管理类专业。当问及为什么不选择AI专业时，柯洁说AI需要非常硬核的数学知识，自己还达不到那个要求。“再去学AI的话，我的棋也不用下了。现在几乎两天一盘棋，强度很大。如果还要学AI这么硬核的东西，不太可能。”
中国围棋另外一位领军人物，以八个世界冠军暂时领先柯洁的古力九段也是清华大学的，只是他选择的是历史系。这下古力柯洁在另外一个领域成为了又成为了学长和学弟了。古力是聂卫平的得意门生，柯洁在聂卫平围棋道场学棋定段，围棋界两人就是师兄弟。
在申请的过程中，柯洁也和清华大学进行了沟通。如果能顺利入学，校方会在学制上给予一定的弹性，柯洁有可能花5、6年或者更长的时间修满必要的学分，完成学业。
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